A Kizil-kum sivatag szívében fekvő Zarafshán életét alapvetően meghatározza a szélsőséges kontinentális éghajlat. A város ritmusa a hőmérséklet ingadozásával együtt változik, ami a repülőről leszállva, az első sivatagi fuvallatnál azonnal érezhetővé válik.
A tavaszi és őszi főszezon
A látogatásra a legalkalmasabb időszak a március végétől májusig, valamint a szeptember közepétől november elejéig tartó hetek. Ilyenkor a nappali hőmérséklet általában 20°C és 30°C között mozog, ami ideális a város modern utcáinak bejárásához vagy a közeli bányászati övezetek távoli megtekintéséhez. A tavaszi érkezés különösen látványos, hiszen a sivatag rövid időre kizöldül, és a helyiek a Navruz, azaz a perzsa újév alkalmából szabadtéri fesztiválokkal, közösségi főzésekkel töltik meg a tereket.
Az őszi hónapokban a forróság enyhülésével a piacok megtelnek a régió híres sárgadinnyéivel és gyümölcseivel. A város ekkor a legélénkebb: a parkok megtelnek sétálókkal, és a társasági élet a késő esti órákig tart a szabadban. Az enyhe szél és a tiszta égbolt miatt a látási viszonyok kiválóak, így a városba érkezve már a levegőből jól kivehető a sivatagi táj és az ipari központ kontrasztja.
A nyári és téli holtszezon
A nyári hónapok, különösen a július, extrém hőséget hoznak, amikor a hőmérséklet gyakran meghaladja a 40°C-ot. Napközben a város elcsendesedik, az élet a légkondicionált épületekbe húzódik vissza, és a lakók csak naplemente után merészkednek az utcákra. Aki ilyenkor landol a Zarafshán Airport aszfaltján, azt azonnal megcsapja a sivatag száraz, forró lehelete, ami próbára teszi a látogatók tűrőképességét.
A tél ezzel szemben fagyos és szeles, a hőmérséklet gyakran 0°C alá süllyed, és a sivatagi szél még hidegebbnek érzékelteti az időt. Bár a hó ritka, a táj ilyenkor zordabb arcát mutatja, a társasági élet pedig a hangulatos beltéri teaházakba helyeződik át. Ez az időszak a csendesebb, befelé forduló arcát mutatja a városnak, ahol az ipari tevékenység állandó moraja mellett a természet nyugalma dominál.